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2018年 04月 27日
ここ数年の潮流であるsingle-cell RNA-seqで細胞の分化や発生のtrajectoryを洗い直すタイプの仕事は、ようやくヒトの造血系にもやってきた。MajetiとChangが入ってるのは納得。 ヒト造血幹細胞や前駆細胞などの多くの分画をそれぞれソートし、single-cell RNA-seqとsingle-cell ATAC-seqにかけた。これにより、 -細胞の分化マップtrajectoryがより詳細に書けるようになった。新規の中間段階や枝葉のpopulationが見つかるかもしれない。造血系の利点は、いったん新規のpopulationが見つかれば、それに発現するユニークなCDマーカーを使うことで単離・機能解析でvalidationできる。 -細胞の分化に伴うepigenetic changesを見ることで、責任転写因子の当たりをつけられる。方向性は、その転写因子をKOあるいは結合エンハンサーをCRISPRしてノックアウトすることで細胞の分化のcrucial regulatorsを同定できる。もし造血幹細胞づくりをデザインしなおすなら、これらの因子を順番に導入するのが一見良いアプローチだ。実際は、個々の因子だけでは細胞の運命をなかなか動かせないのが造血系のやらしいところだ。各TFにspecificityが足りない。造血系で出てるTFにはpioneer factor的なビシッとしたパワーが足りない。TFを導入するより、エンハンサーを直にいじったほうがいいと思う。 -この論文の次の方向性は、CRISPR barcoding-based lineage tracingと組み合わせることでpopulationの挙動をsnapshotすることだ。discussionの最後にこれみよがしに書いてるから、もうやってるだろう。 Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation Cell, 2018
by sugirioblog
| 2018-04-27 19:06
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