以前の記事
2018年 05月 2018年 04月 2017年 12月 2017年 05月 2016年 10月 2016年 09月 2016年 08月 2016年 07月 2016年 06月 2016年 05月 2016年 04月 2016年 03月 2016年 02月 2016年 01月 2015年 12月 2015年 11月 2015年 10月 2015年 09月 2015年 08月 2015年 07月 2015年 06月 2015年 05月 2015年 04月 2015年 03月 2015年 02月 2015年 01月 2014年 12月 2014年 11月 2014年 10月 2014年 09月 2014年 08月 2014年 07月 2014年 06月 2014年 05月 2014年 04月 2014年 03月 2014年 02月 2014年 01月 2013年 12月 2013年 11月 2013年 10月 2013年 09月 2013年 08月 2013年 07月 2013年 06月 2013年 05月 2013年 04月 2013年 03月 2013年 02月 外部リンク
カテゴリ
その他のジャンル
最新の記事
記事ランキング
検索
|
2015年 05月 22日
個人的にこれからのサイエンスのスタンダードになるものにsingle-cell analysisがあると思う。
こないだ話題にしたATAC-seqにsingle cell verが出た。chromatin accessiblityがわかる。 懐かしのHSC分野でもsingle cell analysis of gene expression and function例がでた。 この業界の課題は、FACSで見てる細胞1個1個のexpression dataと機能解析をリンクさせることだ。なぜならFACSのマーカーの組み合わせでは限界があって、いつまでたっても雑多な集団を相手にすることになる。heterogeneityという言葉だけでは済まされない。 この論文ではsingle-cell level RNA-seq + Transplantをした。Index srotという、FACS plot上の細胞とsingle-cell RNA seq dataをリンクすることで、各FACS plotのexpression databaseを構築する。次に、同じFACS plot上のCellの機能を解析する。この場合、HSCだからsingle cell tranplantをした。そしてFACS plot上のsingle cell RNAseqとtransplantの結果をひたすら相関させる。発現リファランスプレートと機能解析プレートを2つ用意する感じ。こうすれば、ホンモノのHSCの遺伝子発現プロファイルがわかる。 single cell transplantはできる人が限られてる神の技術なので、あとは某ラボの結果をまとう。まだ気になるのは、あくまでも違う細胞ということ。RNAseqした細胞はその場で潰されるので、機能解析で使った細胞ではない。あくまでもFACS plotのほぼ同じ場所にある細胞、というだけ。FACSもせいぜい5-10個のマーカーでしか見てないので、同じ一のプロットにいても同一のタイプの細胞とは限らないかも。 同一の細胞でRNAseqとtransplantができないかな?夢想だけど。と思ったら、いずれできるかもなラボ達を思い出した。Quake labも有名だけど、Weitzs labもmicrofluidcsで名前をきく。今日出たCell論文はdropletでバーコードした細胞のsingle cell RNAseqをしてる。FACSの数個のマーカーに頼るのでなく、何千個の細胞を個別バーコードすることで、ES細胞のマニアックな集団を再構成した。 うーん、発現解析に細胞を潰さず同一Cellの機能解析までnon invasive, single streamでできないかな。光を使うとか。
by sugirioblog
| 2015-05-22 11:18
|
ファン申請 |
||