最近
知った。
low cell numberでchromatin stateというかopennessを見る技術。何がわかるかというと、chromatinがオープンになってる領域、つまり転写因子がくっついて転写活性がありそうな遺伝子がわかる。
DNase I hypersensitivity assayの次世代版か。数千個から数万個の細胞でもOKだから、FACSでソートした変な集団でも使えるという利点がある。
近所でATAC-seqしてる人に聞いてみたら、FACSした細胞は培地とかでaliveさせるのがコツで、ピペット操作は2日だそう。
実例は例えばこの
論文。造血細胞でATAC-seqのsharpピークがdullなH3K4me1領域に見られる。