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2015年 04月 29日
別ラボの友人がJC用に読んでたBlood論文。
まあマニアックすぎるからブログ的には中身はどうでもいいけど、なんで選んだかというと、supのFig6のせい。流行りのスーパーエンハンサーになんでもいいから物申す知見がほしいようだ。 JQ1というドラッグはスーパーエンハンサーを阻害すると報告されていた。ただ、必ずしもそうではないという例を示したのがこのBlood論文。JQ1処理をしてもスーパーエンハンサーは阻害されなかった。細胞のタイプや個々のスーパーエンハンサーのコンテクストによってJQ1感受性は異なると容易に想像できる。だから、JQ1で阻害される転写領域を全部スーパーエンハンサーと呼んでしまうような乱暴な議論は防がれた、と思いたい。でもきっとJames BradnerのJun Qi(JQ)1だからすごいんだよ、スーパーエンハンサーはこれで定義できるんだよ、て人はまだいるだろうな。 スーパーエンハンサー(SE)の定義はこれによると、組織特異的TFとMed1が結合しているエンハンサーのクラスター。定量的には12.5kb以内のエンハンサーをstitchして、Med1のChIP-seqの定量からバックグラウンドシグナルと比較して決められる。 もうすこし簡便な定量があればSEという用語もここまでpromiscuousに使われることはなかったろうに。 さらに、これから 機能的な証明として CRISPRしてSEにminimal deletionいれたら転写が阻害されるか 或は SEに結合するTFをKOしたら転写が阻害されるか のいずれかを満たすことが要求されるかもしれない。前者の例は噂ではこれからcontroversialになりそうだけど、後者はすでに論文がある。 GBさんといえばこの論文が印象深い。mitotic bookmarking. mitosisの最中はTFとか全部外れると思いきや、一部のTFは残って娘細胞のidentityや分化に関わるそうだ。SEのコンセプトが出る前の論文だけど、今ならSEとかpioneer factorとか呼ばれるんだろうか。
by sugirioblog
| 2015-04-29 10:10
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